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次氯酸和次氯酸钠的区分，主要在于残留的氯离子。一般的含氯消毒剂不能用于空气消毒、不能用于手、皮肤、黏膜消毒，次氯酸属于含氯消毒剂的范围。但在《含氯消毒剂卫生要求》中，将次氯酸单列，可以用于空气、环境物体表面消毒。由上海消毒产品协会出台的《次氯酸消毒液卫生要求》，首次将次氯酸的测定方法确定下来，用于区分次氯酸和次氯酸钠，次氯酸的含量要大于有效氯的50%。
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医院里常用的含氯消毒剂是次氯酸钠，最终起杀菌作用是次氯酸，次氯酸与次氯酸钠相比，前者的杀菌能力大大增强。国外有一些研究，次氯酸的杀菌作用是次氯酸钠的50-200倍。
国内研究，同为液体剂型的次氯酸比次氯酸钠在同样杀菌性能的情况下浓度要低得多。在同等条件下，对比次氯酸、次氯酸钠、过氧化氢三种消毒剂对大肠杆菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌的杀灭效果，次氯酸在较低浓度和较短时间有比较好的杀菌作用。临床上预防性消毒，常用的含氯消毒剂是250mg/L，但对于次氯酸只需要15-20mg/L的浓度。
次氯酸能否用于疫源地消毒？
常规消毒可按照含氯消毒剂标准，提供5-10min 3%有机物杀灭芽孢检测报告，可以用于疫源地消毒。次氯酸水浓度低，受有机物影响大，分泌物、排泄物、血液、呕吐物消毒不建议使用。
    其次，次氯酸不建议有人情况下进行空气消毒。虽然次氯酸消毒剂毒理学是安全的，但长期使用会吸入人体肺部组织形成肺纤维化、存在孕妇儿童死亡的风险。目前也有研发产品将空气导入次氯酸水，通过过滤或水洗的方式净化空气，而不是让次氯酸弥散到室内空气中。